地礦學

1）掃描電鏡能分析礦物表面形貌，組織和組成。通過SEM掃描電鏡觀測礦物微區(qū)變化能為礦物成巖環(huán)境與歷史演化分析提供證據(jù)；能觀測粘士礦物形態(tài)，分布，性質與共生組合等特征，為粘土礦物成因與地球化學背景分析奠定基礎；能分析儲集巖礦物組成，結構構造，孔隙類型與成因等特征，并為儲層優(yōu)劣評價提供參考。

2）掃描電鏡可以研究巖土組成，構造和堅固性?？捎脕碛^測宇宙塵，隕石及月巖等的形態(tài)特征，構造，以便對推斷其成因和認識寧宙提供了有效資料；可以對古微生物化石形態(tài)，排列方式進行研究，對測定地質年代及地層形成古地理環(huán)境等提供數(shù)據(jù)。

 微電子工業(yè)

半導體器件性能與穩(wěn)定性與器件表面微觀狀態(tài)有關。SEM掃描電鏡可用于半導體二極管、三級管、集成電路或者液晶顯示器的失效分析、微觀形貌的觀察以及失效點和缺陷點的查找與觀測，準確測量器件微觀幾何尺度及表面點位分布情況等，并與能譜相結合也可以分析污染物中各要素。有利于失效原因的分析、制備工藝的完善和有效措施預防事故。

利用掃描電鏡觀察到的光柵的周期性結構。利用SEM掃描電鏡圖可對光柵的周期性距進行測量，觀察光柵上是否有缺陷位點。

刑事偵查

掃描電鏡應用于刑事偵查，其特點是用量少、對檢材無損害，可用來檢驗射擊殘留物、爆炸殘留物、油漆、涂料、文書、金屬附著物、刮擦／撬壓痕跡、毒物、生物類物證（土壤、植物組織、纖維、骨、組織和毛）。通過觀察、比對這批物證微觀形貌，并結合能譜進行成分分析，可為調查提供線索或證實作案提供科學依據(jù)。